В русском языке есть слова с нулевой основой, потому что в их структуре могут присутствовать нулевые морфемы, которые не входят в основу слова. 45

Например, нулевое окончание — это окончание в изменяемом слове, не выраженное буквами. 3 Если слово неизменяемое, отсутствие окончания в нём никак не обозначается. 3

Нулевые суффиксы также могут входить или не входить в основу слова в зависимости от их вида: формообразующие суффиксы не включаются в основу, а словообразовательные включаются. 5 Например, в слове «унёс» нулевой формообразующий суффикс не входит в основу слова, а в слове «забег» — входит. 5

Таким образом, наличие слов с нулевой основой связано с наличием в их структуре нулевых морфем, которые не являются частью основы слова.