В русском языке есть слова с нестандартным написанием корня жг-жг, потому что в них происходит чередование г-ж. 14

Например, второе ж пишется в словах вожжи, дрожжи, жужжать, можжевельник и в производных от них (дрожжевой, жужжание, можжевёловый). 4 Также второе ж возникает в некоторых формах глагола жечь и производных от него словах (жжёшь, жжёт, жжёный, выжженный, возжжённый, жжение, жжёнка). 4 Здесь вторая ж — результат чередования г-ж (жг-у — жж-ет). 1

Таким образом, нестандартное написание корня жг-жг связано с тем, что в разных словах происходит разное чередование согласных букв.