Сочетание «ан» в разных словах в русском языке может встречаться по нескольким причинам:

• Использование в качестве союза. 14 В значении «но» он обозначает неожиданность действия, решения. 1 Например: «Хотел точно сделать, ан/но передумал!». 1
• Наличие приставки «ан-». 5 Она несёт понятие отрицания, отсутствия чего-либо или противопоставление чему-либо. 5 Например: «ангармонический», «ангидрит», «аннигиляция». 5

Таким образом, сочетание «ан» может использоваться для выражения противопоставления, несоответствия одной части высказывания другой. 3

Также, по мнению некоторых лингвистов, сочетание «ан» может указывать на то, что «А — первоисток, а Не — отрицание», что означает «отрицание от самого начала». 3