Нельзя однозначно сказать, почему буква «Я» считается самой неоднозначной в русском языке. Однако есть некоторые факты, связанные с этой буквой:

• «Я» — последняя буква в алфавите. 25 Когда-то на последнем месте стояла другая буква — ижица, которая использовалась для обозначения «и» в редких словах греческого происхождения. 5 В период советской власти было принято решение переместить букву «Я» на последнее место, так как ижица уже практически не применялась. 5
• «Я» может быть отдельным словом, местоимением. 2 В русской грамматике местоимение служит заменой имени существительного. 2 Буква «Я» отражает личное местоимение первого лица единственного числа, а также служит для обозначения говорящим от имени самого себя. 2
• «Я» состоит из двух звуков. 5 В начале слова или после гласных букв и разделительных знаков слышится согласный «й», а затем гласный звук «а». 5 После согласных «я» часто смягчает их. 5 В безударном положении «я» как бы повторяет звуки «е» и «и». 5
• Буква «Я» в слове бывает отдельным слогом, в предложении — самостоятельным словом. 5 В некоторых случаях буква «Я» выступает в качестве целого предложения, например: «Кто пойдёт в музей на следующей неделе? — Я!». 5