Несколько причин, по которым в русском языке буква «е» используется чаще, чем буква «э»:

• Буква «е» закрепилась в алфавите раньше. 2 В исконно русских словах перед звуком [э] всегда был мягкий согласный, и буква «е» стала обозначать эту мягкость. 2
• В заимствованных словах идёт процесс постепенного перехода от твёрдого произношения к мягкому. 1 Многие слова обнаруживают колебания в произношении, например, «шиннель» и «шин'ель». 1 В такой ситуации орфография не смогла бы поспеть за быстро меняющимся произношением, и сейчас разумно не обозначать на письме твёрдость или мягкость согласных перед «е». 1

Буква «э» традиционно употребляется лишь для обозначения нейотированного звука [e] в начале слова и в небольшой группе заимствованных слов: мэр, пэр, сэр, бэр, пленэр, рэкет, а также словах с корнем «аэр-» и именах собственных. 1