Почему в русском языке 41 фонема, а букв намного больше?

Возможно, имелось в виду несоответствие количества звуков и букв в русском языке. Звуков больше, чем букв, потому что не для каждого звука есть соответствующая буква. wika.tutoronline.ru

Некоторые причины несоответствия:

• Согласные буквы (б, в, г, д, з, к, л, м, н, п, р, с, т, ф, х) могут иметь по два звука — твёрдый и мягкий (л-л', д-д' и т. д.). uchi.ru
• Буквы ь и ъ не имеют звуков. uchi.ru wika.tutoronline.ru
• Буквы й, ч, щ имеют только мягкие звуки. uchi.ru
• Буквы ш, ж, ц имеют только твёрдые звуки. uchi.ru
• Гласные буквы (а, о, у, и, э, ы) дают шесть звуков. uchi.ru

Общее число звуков в русском языке — 42, а букв — 33. wika.tutoronline.ru