Почему в родительном падеже используются разные формы существительных?

Формы существительных в родительном падеже могут отличаться из-за типа склонения и твёрдости или мягкости основы слова. russkiiyazyk.ru

Некоторые примеры:

• Существительные мужского рода второго склонения в форме родительного падежа единственного числа имеют вариантные окончания — -а/-я или -у/-ю. russkiiyazyk.ru Формы с окончанием -а/-я стилистически нейтральны, используются в литературной речи. russkiiyazyk.ru Существительные с окончанием -у/-ю отличаются разговорным характером, употребляются в бытовой речи. russkiiyazyk.ru
• Существительные с основой на мягкий [н'] (вишня, башня) в родительном падеже множественного числа этот согласный отвердевает: вишен, башен. vk.com
• Существительные, не имеющие рода, употребляемые только в форме множественного числа, могут иметь нулевое окончание, окончание «-ов/-ев» или окончание «-ей». dzen.ru
• У слов-омонимов могут быть разные формы в родительном падеже. orfogrammka.ru

Также вариативные формы родительного падежа множественного числа, не совпадающие с литературной нормой, чаще всего встречаются у существительных, обозначающих единицы измерения и национальности. cyberleninka.ru