Некоторые причины, по которым в реальных популяциях нарушается генетическое равновесие:

• Нестандартный выбор партнёра при скрещивании. 2 Особи с определёнными признаками подбирают пару с такими же признаками. 1 Например, дикие гуси в период размножения ищут себе пару со схожей окраской. 1
• Потеря генов в популяции. 1 Это может произойти, например, в результате гибели особи с редкими генами. 1 Чем меньше численность популяции, тем больше она подвержена различным влияниям, которые меняют генофонд. 1
• Разделение популяции на две неравные части естественными или искусственными барьерами. 1 Например, если на реке построили плотину, то генофонд популяции, которая оказалась по количеству меньше, с течением времени может отличаться от прежнего по составу. 1
• Катастрофы. 12 Если после пожара, наводнения осталась лишь малая доля особей популяции, то через какое-то время её генофонд поменяется. 1
• Действие естественного отбора. 35 Вследствие естественного отбора в популяциях закрепляются полезные гены, то есть благоприятствующие выживанию в данных условиях среды. 3 Доля таких генов возрастает, и общий состав генофонда меняется. 3