В разных популяциях человечества существуют разные гаплогруппы по нескольким причинам:

• Генетический дрейф. 1 Случайные флуктуации, вызванные количеством потомков соответствующего пола, которым был передан определённый маркер. 1 Это приводит к постепенному изменению пропорции маркера либо до 100%, либо к его полному исчезновению из популяции. 1 В большой популяции генетический дрейф распространённых аллелей очень мал, но в малой, где скрещивание проходит между близкородственными особями, пропорция аллелей изменяется относительно быстро. 1
• История группы. 3 Переселения, встречи с другими народами, разделение прежде единой группы влияют на спектр гаплогрупп в популяции. 3
• Эффект бутылочного горлышка или эффект основателя. 1 За ними могут следовать разделение популяции на отдельные группы или значительное увеличение числа особей. 1 В более молодых популяциях обнаруживаются не все аллели, которые были в предыдущей популяции: генетический дрейф приводит к исчезновению некоторых аллелей из популяции. 1