В природных белках преобладают транс-изомеры пептидных связей, потому что транс-изомер энергетически более выгоден, чем цис-изомер. 1

Примерное соотношение транс- и цис-конфигураций составляет 1000:1. 1 Однако если пептидная связь образована азотом пролина, соотношение транс- и цис-конфигураций составляет 30:1 вследствие почти симметричного расположения атомов Cα и Cδ пирролидинового кольца и близости по энергии цис- и транс-изомеров. 1

Жёсткость пептидной связи уменьшает количество степеней свободы полипептидной цепи, что играет большую роль в процессе фолдинга. 2