Учёные изменили своё мнение о систематическом положении археоптерикса из-за открытия других переходных форм между рептилиями и птицами. 45

Археоптерикс долгое время считался началом эволюционного древа птиц. 5 Однако в последние годы обнаружение нескольких небольших пернатых динозавров создало загадку для палеонтологов, подняв вопросы о том, какие животные являются предками современных птиц, а какие — их родственниками. 5

Некоторые учёные считают, что археоптерикс не состоит в родстве с современными птицами. 1 По их мнению, он является пернатым хищным динозавром, который не долетел до той ветки генеалогического древа, где вырастали птицы. 1

Кроме того, анализ костных структур подтвердил, что археоптерикс в некоторых отношениях (например, судя по характерным костным структурам) ближе таким вымершим рептилиям, как дейнонихозавры, чем позднейшим птицам. 1

Таким образом, новые находки внесли дополнительную путаницу в уже, казалось бы, сложившуюся стройную картину эволюции птиц. 3