Разнообразие окрасов шерсти в породе шетлендских пони обусловлено длительным отбором, который определялся не только направленной селекцией человека, но и естественными условиями жизни лошадей. 4
В былые времена отбор производили только по рабочим качествам, невзирая на экстерьер, поэтому сейчас в породе встречаются практически все масти. 4 Чаще всего попадаются вороные, серые, рыжие, соловые, пегие и чубарые пони. 4
Также разнообразие окрасов может быть результатом скрещиваний с различными породами. 5 Когда был налажен экспорт, в первую очередь поставляли самых крупных представителей этой породы. 5 Чтобы соответствовать спросу, коневоды стали производить скрещивания с различными породами, в результате чего образовались новые группы, значительно отличающиеся от исходной популяции. 5