Почему в некоторых языках, таких как японский или арабский, используется иная система обозначения мягкости согласных?

В японском и арабском языках используется иная система обозначения мягкости согласных, потому что в них есть свои особенности фонетики. ru.wikibooks.org elar.urfu.ru

В японском языке для обозначения мягкости согласных широко распространены гласные, смягчающие согласные (и, я, ё, ю). nsportal.ru Также есть два вида смягчения согласных: непосредственное примыкание к гласным и соединение с последующим гласным через «вставной» звук. elar.urfu.ru

В арабском языке согласные не меняют своего качества в соседстве с различными гласными. ru.wikibooks.org Например, звуки [ш] и [к] в арабском мягче, чем соответствующие русские: [ша] по звучанию напоминает ща, а [ка] — ближе к кя. ru.wikibooks.org