Изменение структуры пирамиды биомассы в течение года в некоторых водоёмах происходит из-за сезонных изменений в развитии организмов. 12

Например, в стратифицированных озёрах (чаще эвтрофированных) зелёные растения (продуценты) хорошо развиваются весной и летом, а количество консументов уменьшается. 2 Зимой продуценты не растут, а существуют в «законсервированном» виде в придонных слоях водоёма. 2

Также перевёрнутая пирамида биомассы может возникать из-за быстрого размножения организмов с низким трофическим уровнем, например фитопланктона. 35 Пока потребители фитопланктона (консументы) наберут свою биомассу, сменится множество поколений водорослей, и их общая биомасса будет намного больше. 3

Таким образом, в определённые времена года биомасса фитопланктона может быть выше, чем биомасса зоопланктона, а в прочие сезоны соотношение обратное. 1