Возможно, имелись в виду древние суффиксы, которые уже не ощущаются как значимые части слова и при его анализе в школе не выделяются. 2

Некоторые причины сохранения таких суффиксов:

• Укоренилось слово в определённой форме. 3 Оно настолько укоренилось в языке, что суффикс «прирос» к нему, и найти форму слова, где этот суффикс изменяется, практически невозможно. 3
• Слово было образовано от другого слова с помощью определённого суффикса. 12 Например, слово «зонтик» изначально было непроизводным, но со временем, по аналогии со словами типа «носик», «листик», «домик», было переосмыслено как уменьшительная форма, образованная от существительного «зонт» с помощью суффикса «-ик-». 1
• Слово было образовано от глагола. 2 Так, слово «творог» образовалось от глагола «творити» (с первичным значением «месить, разбалтывать»). 2

Чтобы определить, сколько суффиксов в слове, нужно построить словообразовательную цепочку, то есть поэтапно проследить, как образовывалось слово, и найти все промежуточные слова. 5