Почему в некоторых словах русский язык имеются две разные буквы для обозначения одного звука?

В русском языке один и тот же звук может обозначаться двумя разными буквами из-за позиционного чередования звуков, которое зависит от места (позиции) звука в слове. znaika.ru

Некоторые буквы, например «е», «ё», «ю», «я», могут обозначать как один, так и два звука в зависимости от ситуации: resh.edu.ru uchi.ru

• Один звук эти буквы обозначают, если стоят после согласного и указывают на его мягкость. znaika.ru Примеры: м[э]ра, пол[о]т, кл[у]в, с[я]ду. znaika.ru
• Два звука эти буквы обозначают, если находятся в начале слова, после любой другой гласной или после твёрдого и мягкого знаков. znaika.ru Примеры: [йэ]м, [йо]лка, [йу]г, [йа]щер. znaika.ru

Кроме того, две буквы могут соответствовать одному долгому звуку, который слышен в слове. www.bolshoyvopros.ru gram.cerm.ru Примеры: счёт — [щ’от], суббота — [субота], атолл — [атол]. www.bolshoyvopros.ru