Почему в некоторых словах после Ц пишется буква Ы, а в других — И?

Выбор буквы «ы» или «и» после «ц» зависит от того, в какой части слова находится орфограмма: 5

• В корне после «ц» пишется буква «и». 15 Исключениями являются слова, в которых, согласно традиции, пишется «ы» (цыплёнок, цыган, цыкнуть, цыц, цыпочки и все однокоренные с ними слова). 13
• В суффиксе после буквы «ц» пишется только «ы» (волчицын, царицын, курицын). 1 Исключения могут составлять некоторые фамилии (Вицин, Глицин). 1
• В окончании слова после буквы «ц» пишется только «ы» (храбрецы, невольницы, у лиственницы, краснолицый, куцый). 1

Также отдельно выделяется правописание слов, заканчивающихся на –ция. 5 В таких словах всегда после «ц» стоит «и» (нация, абстракция, иллюминация, акция, провокация). 5