Почему в некоторых словах допускается разночтение формы множественного числа?

В некоторых словах допускается разночтение формы множественного числа по разным причинам:

• Формы могут иметь разное значение. gramota.ru Например, тона (о цвете) и тоны (о звуке), хлеба (о злаках) и хлебы (о печёном хлебе). gramota.ru
• Формы могут различаться по стилистической окраске. gramota.ru Например, борта и устаревшая форма борты, дома и устаревшая форма домы. gramota.ru
• Формы могут быть равноправными и взаимозаменяемыми. gramota.ru proza.ru Например, года и годы, цеха и цехи (на предприятии), шторма и штормы. gramota.ru proza.ru
• Выбор окончания связан с фонетическими особенностями основы. ug.ru Предпочтение отдаётся тому варианту, который кажется наиболее удобным для произношения. ug.ru

Чтобы решить вопрос о статусе «спорной» формы слова, в любом случае нужно обратиться к словарю. gramota.ru