Сапропель образуется в некоторых озёрах благодаря сочетанию нескольких условий: 1

• Стоячая вода. 1 В таких условиях формируется бескислородная среда, необходимая для образования сапропеля. 1
• Достаточная глубина. 1 В мелких прудах и реках сапропель не формируется. 1
• Длительное время. 1 Процесс идёт медленно: по мнению учёных, возраст старейших разведанных залежей составляет около 12 тысяч лет. 1

Исходным материалом для сапропеля служат остатки планктона, бентоса (организмов, обитающих на дне и в грунте), водорослей, макрофитов (водных растений). 2 Также к органике добавляется почва, смываемая с берегов дождями и талыми водами. 1

Под действием бактерий-анаэробов на глубине при минимальном количестве кислорода происходит частичная минерализация органики, в результате чего образуется сапропель. 1