Несколько причин, по которым в некоторых местах Балтийского моря может отсутствовать подводная растительность:

• Снижение концентрации растворённого кислорода. 2 Морские травы реагируют на понижение уровня кислорода в комбинации с повышением температуры воды. 2 В результате происходит массовая гибель водорослей и их выброс в результате дрейфа на берег. 2
• Эвтрофикация. 25 Это процесс обогащения водоёмов питательными веществами, который может привести к цветению водорослей и гибели других организмов. 5

Также на флору Балтийского моря влияет солёность воды. 4 Многие морские организмы не способны выживать в низкой солёности, в то время как для пресноводных организмов незначительное повышение соли в воде также вызывает гибель. 4