При подсчёте слов в тексте, в том числе научном, пунктуация не учитывается, потому что символы и знаки препинания не являются частью лексического состава текста, а служат для его оформления и структурирования. 1
В научных работах важно точно использовать пунктуацию, так как она помогает указать паузы и акценты на определённых идеях или мыслях, которые обсуждаются в тексте. 5