В молекулах РНК не образуется двойная спираль, как в ДНК, из-за наличия гидроксильной группы в 2'-положении рибозы. 13

Присутствие этой функциональной группы приводит к тому, что спираль принимает геометрию А-формы, а не В-формы, наиболее часто наблюдаемой в ДНК. 3 В результате получается очень глубокая и узкая основная борозда и мелкая и широкая второстепенная борозда. 3

Кроме того, конформационно пластичные, то есть не принимающие участие в образовании двойной спирали, участки молекулы РНК могут химически атаковать другие фосфатные связи и расщеплять их. 1

Вместе с тем в некоторых участках цепь РНК может образовывать петли, или «шпильки», с двухцепочечной структурой. 2