Разнообразие фауны Калифорнийского залива можно объяснить несколькими факторами:

• Типы скал, образующих берег. 1 Берега с мягкими и пористыми породами (ракушечный известняк, риолиты, гранит или диорит) обычно имеют более высокое видовое богатство, чем пляжи с твёрдыми и гладкими породами (базальт или диабаз). 1 В пористых породах больше трещин и щелей, что делает их идеальным местом для жизни многих животных. 1
• Солёность воды. 12 Многие морские организмы могут выжить только в определённом диапазоне солёности. 1 Солёность воды в северной части залива, как правило, выше, чем в центральных и южных регионах из-за повышенного испарения. 12
• Обширные зоны подъёма глубинных вод. 3 Это способствует высокой продуктивности планктона, цветение которого во все сезоны года окрашивает воду в различные оттенки красного цвета. 3
• Влияние островов. 4 Группа островов играет важную роль в характере циркуляции, поскольку сильные приливные течения создают фронты приливного перемешивания, которые нарушают течение воды между верхним и нижним районами залива, а также изменяют границы и ареалы распространения различных видов. 4