В изолированных популяциях высокая частота близкородственных браков может сохраняться по нескольким причинам:

• Ограничение брачных связей. 4 Причины географического, экономического, расового, религиозного или культурного порядка могут ограничивать брачные связи масштабами определённого района, племени, поселения, секты. 4
• Дрейф генов. 24 Высокая степень репродуктивной изоляции малочисленных человеческих популяций на протяжении многих поколений создаёт благоприятные условия для дрейфа генов. 4 Он приводит к сглаживанию изменчивости внутри группы и появлению случайных, не связанных с отбором различий между изолятами. 4
• Эффект родоначальника. 4 Возникает, когда несколько семей порывают с родительской популяцией и создают новую на другой территории. 4 Такая популяция обычно поддерживает высокий уровень брачной изоляции. 4 Это способствует случайному креплению в её генофонде одних аллелей и утрате других. 4 В результате частота очень редкого аллеля может стать значительной. 4

Таким образом, в изолированных популяциях высокая частота близкородственных браков может сохраняться из-за совокупности различных факторов, влияющих на генетическую структуру популяции.