В ходе эмбриогенеза происходит повторение филогенеза, потому что организм имеет генетическое сходство со своими предками. 5 Это означает сходство структурных и регуляторных белков и РНК. 5

Кроме того, в онтогенезе сложные структуры не могут возникнуть сразу: они обязательно должны образоваться из более простых. 5 Также зачастую органы, имеющиеся только на определённых стадиях эмбриогенеза, могут временно выполнять важные функции (например, желточный мешок у зародышей млекопитающих — орган кроветворения). 5

Однако в индивидуальном развитии организмов не всегда наблюдается строгое повторение филогенетических стадий. 2 Наиболее значимые морфологические структуры, особенности биохимических и физиологических процессов повторяются наиболее полно (например, закладка хорды, нервной трубки у хордовых), а рекапитуляция менее значимых структур и процессов будет неполной или её не будет совсем (закладка придатков кожи у позвоночных). 2