Чистые линии важны в генетических исследованиях по нескольким причинам:

• Стабильность наследуемых признаков. 1 Гомозиготность чистых линий (все члены группы имеют одинаковые аллели гена) обеспечивает стабильность наследуемых признаков, так как потомство от таких особей будет наследовать те же самые аллели. 1
• Воспроизводимость результатов. 35 Генетическая однородность используемых учёными организмов повышает воспроизводимость результатов и снижает вероятность воздействия на результат исследования генетических различий между особями (например, в контрольной и опытной группе). 35
• Возможность изучения передачи генов. 1 Установление чистых линий позволяет учёным изучать, как определённые гены передаются от поколения к поколению, и помогает в разработке методов профилактики и лечения наследственных заболеваний. 1
• Постоянность популяций. 4 Выведенные чистые линии обеспечивают постоянные популяции, позволяющие проводить фенотипирование признаков одних и тех же генотипов в разное время и при различных условиях окружающей среды. 4