Кольцевые молекулы ДНК могут перемещаться быстрее линейных при электрофорезе из-за разницы в конформации. 24
Суперскрученная кольцевая ДНК (кольцо сворачивается в «жгут») более компактна и, следовательно, движется быстрее, чем расслабленная кольцевая ДНК. 12
Линейная двунитевая молекула ДНК, в свою очередь, может мигрировать быстрее или медленнее сверскрученного кольца одинаковой с ней молекулярной массы, в зависимости от среднего размера пор геля. 1 Для крупнопористого геля важен размер молекулы, а для мелкопористого — большая гибкость линейной молекулы. 1
Однако скорость перемещения различных форм ДНК может изменяться при разных условиях электрофореза. 2