Возможно, имелись в виду случаи, когда в некоторых учебниках при транскрипции не используют апостроф для обозначения мягкости определённых звуков. 2

Речь идёт о согласных, которые никогда не произносятся твёрдо: [й’], [ч’], [щ’]. 2 В таких случаях мягкость этих звуков не указывают апострофом, так как все и так знают, что твёрдыми эти звуки в русском языке не бывают. 2

При этом в целом апостроф — графическое обозначение мягкости в фонетическом разборе слова. 5