В числительном «двенадцать» используется одна буква «н», потому что корень слова — «две-», а суффикс — «-надцать». 12
Слово образовалось от словосочетания «два на десять», и в результате различных фонетических процессов часть «на десять» (предлог + числительное) превратилось в суффикс. 5