Несколько причин, по которым в архейскую эру трудно найти доказательства существования жизни в геологических отложениях:

• Отсутствие органики в нижних слоях. 4 Они представляют собой гигантские залежи кристаллических и глинистых сланцев. 4 И только в самых верхних слоях — в залежах известняков — обнаружены органические остатки. 4
• Примитивность форм жизни. 5 В архейскую эру жизнь была представлена самыми примитивными формами, следы которых сложно обнаружить. 5
• Незначительная доля бактериальных отложений. 1 В архее и самом начале протерозоя, когда океан был пересыщен растворённым карбонатом, доля бактериальных отложений была незначительной. 1 Карбонаты в основном оседали без участия организмов. 1

Однако, несмотря на это, в архейских слоях возрастом 3,5–3,3 миллиарда лет можно обнаружить микроскопические и простые окаменелости, например шаровидные и нитчатые ископаемые. 1