Утиные яйца считаются более сложными для инкубации из-за некоторых особенностей, среди которых:

• Размер и пористость скорлупы. 1 Утиные яйца крупнее куриных, а пористость скорлупы зависит от структуры и плотности пор, толщины скорлупы и кутикулы. 1 Непостоянная толщина кутикулы негативно влияет на выводимость. 1
• Повышенное содержание жира в желтке. 2 При развитии эмбриона это приводит к усиленному выделению тепла и может вызвать его перегрев, вплоть до гибели. 2
• Загрязнённость яиц. 4 Через крупные поры скорлупы микроорганизмы свободно проникают внутрь яйца и быстро там размножаются. 4 Поэтому во время инкубации необходимо внимательно следить и немедленно удалять яйца с потемневшей, зеленоватой или синеватой скорлупой. 4
• Необходимость охлаждения. 24 Во второй половине инкубации зародыши сами начинают выделять излишнее тепло, поэтому яйца необходимо охладить. 4

Чтобы снизить риск гибели эмбриона на поздних этапах, для утиных яиц используют различные программы инкубации для разных возрастов стада. 1