Ультрацентрифугирование считается эффективным методом очистки белковых растворов по нескольким причинам:

• Возможность настраивать параметры. 12 Можно изменять время центрифугирования, скорость и условия градиента для эффективного разделения белков. 12
• Отделение белков от агрегатов. 12 Во время вращения ротора белки проходят через градиент и разделяются в соответствии с их коэффициентами осаждения. 2 Более плотные агрегированные белки движутся быстрее, чем более лёгкие отдельные белковые молекулы. 12
• Минимизация границы раздела воздуха и жидкости. 12 Это приводит к большей стабильности белкового препарата и уменьшению агрегации. 12
• Отсутствие меток слияния. 2 Центрифугирование позволяет обойтись без меток слияния, которые могут существенно повлиять на растворимость белка, что является распространённым недостатком методов очистки белков на основе хроматографии. 2

Таким образом, ультрацентрифугирование позволяет выделять наибольшее количество исследуемого функционального белка с наименьшим количеством других контаминирующих веществ. 1