Ударение в слове «напоить» отличается в разных формах глагола, потому что строгой литературной норме соответствует ударение на суффиксе «и»: напоим, напоишь, напоит. 1
Однако современные словари фиксируют и варианты с ударением на корне: напОим, напОишь, напОит. 1 В некоторых словарях (например, в «Большом толковом словаре» С.А. Кузнецова) такое ударение даётся с пометой «разговорное». 1
Также в глаголах, оканчивающихся на -ить, при спряжении ударение падает на окончания: -ишь, -ит, -им, -ите, -ат/-ят. 3
Таким образом, выбор ударения зависит от конкретной формы глагола и может варьироваться в зависимости от литературной нормы.