Учёные не могут окончательно объяснить происхождение шаровой молнии по нескольким причинам:

• Непредсказуемость появления. 5 Шаровые молнии могут возникать в разных условиях, что усложняет их исследование. 25
• Сложности с экспериментами. 4 В лабораториях удаётся получить кратковременные и очень маленькие по размеру образования, но ни одно из них не совпадает с тем, что описывают очевидцы. 4
• Отсутствие единой теории. 5 Существует множество гипотез, но ни одна из них не способна описать это явление в полной мере. 5 Например, электрические гипотезы не объясняют, как происходит подвод энергии к висящему в воздухе шару, а химические не согласуются с тем, что травмы людей, столкнувшихся с шаровой молнией, напоминают поражение током. 5

Некоторые исследователи придерживаются мнения, что шаровая молния — это несколько отдельных явлений, возникающих при различных обстоятельствах. 5