Несколько причин, по которым учёные могут лишь частично восстановить праязык:

• Отсутствие живой речи праязыка. 4 Исторических лингвистов больше интересует реконструкция системных противопоставлений, скелета праязыка, а не восстановление реальной речи. 4
• Вероятность случайных сходств. 25 Количество звуковых сочетаний, на которые способен человеческий речевой аппарат, не бесконечно, поэтому иногда на разных концах земного шара складываются похожие слова. 25
• Невозможность определить, какой из вариантов реконструкции правильный. 3 Учёные могут воссоздать все варианты словарного состава праязыка, но не смогут определить, что значило то или иное сочетание звуков. 3

При реконструкции праязыка учёные сравнивают языки-потомки и учитывают постоянные соответствия между звуками родственных языков, а также то, что слова со временем могут укорачиваться, а значения слов даже при изменении их формы в основном остались теми же. 3