Генетические карты разных видов организмов могут различаться из-за различий в механизмах рекомбинации и правилах построения карт. 1

Также различия могут возникать из-за разной эффективности рекомбинации между хроматидами на отдельных участках хромосом. 3 Например, она подавлена в гетерохроматиновых участках хромосом, а в хромосомах часто встречаются «горячие точки» рекомбинации. 3 Использование частот рекомбинации для построения физических генетических карт без учёта этих факторов приводит к искажениям реальных расстояний между генетическими маркерами. 3

При этом у организмов одного вида обычно одинаковый порядок расположения генов и обычно постоянные расстояния между ними, что определяется стабильностью генетического материала. 1

Сравнение генетических карт хромосом разных видов указывает на степень генетического родства организмов и пути эволюционных преобразований генетического материала. 1