У некоторых рептилий клоака используется для клоакального дыхания, потому что им необходимо дышать под водой. 1 Развитие клоакальных сумок оказалось наиболее эффективным решением в этом случае. 1

Во время клоакального дыхания рептилии прокачивают воду через свои клоакальные отверстия в два мешковидных органа — сумки, которые действуют как водные лёгкие. 4 Кислород в воде затем диффундирует через сосочки — небольшие структуры, которые выстилают стенки сумок, — и попадает в кровоток рептилии. 4

Клоакальное дыхание наблюдается только у небольшого числа пресноводных видов, которые полагаются на этот метод для преодоления проблем с дыханием в уникальных условиях, где дышать воздухом трудно. 4 Например, в быстрых реках или замёрзших прудах. 4