У некоторых организмов возможны анаэробные пути обмена веществ, потому что они не могут использовать кислород в качестве конечного акцептора электронов в дыхании. 1 Вместо кислорода они используют другие вещества: сульфат-ионы, нитрат-ионы, железо, угарный газ и др.. 1

Энергию для роста и развития анаэробные организмы получают в процессе расщепления органических веществ (главным образом углеводов), подвергая их брожению, в ходе которого образуются восстановленные соединения — спирты и органические кислоты. 4

Также есть организмы, которые в отсутствие солнечного света или кислорода вырабатывают энергию посредством процесса хемосинтеза, при котором неорганические соединения, такие как газообразный водород, сероводород или ионы железа, превращаются в органическое вещество. 2