Несколько причин, по которым у некоторых эукариотических генов может присутствовать большое количество интронов:

• Интронеры. 12 Это мобильные элементы генома, которые способны размножаться и перемещаться по ДНК. 1 По мнению учёных, они являются фундаментальным и наиболее распространённым источником интронов. 1
• Горизонтальный перенос генов. 12 В ходе этого процесса гены передаются от одного вида к другому. 1 Например, больше интронеров обнаружено у морских организмов и видов грибов, которые имеют более высокие скорости горизонтального переноса генов. 1
• Адаптивный ответ на мутации. 5 Интроны могли возникнуть в ходе эволюции как «исправляющие вставки» для дефектов транскрипции длинных полинуклеотидных цепей, характерных для первых эукариот. 5

Таким образом, большое количество интронов может быть связано с различными факторами, влияющими на эволюцию и структуру генома эукариот.