Сердцевина некоторых деревьев может образовывать дупло из-за воздействия дереворазрушающих грибов. 12 Их споры попадают в древесину через раны на дереве, которые возникают при трении деревьев, заломе ветвей, ударах молнии или при морозобоинах. 1 Споры грибов прорастают в сердцевину дерева, вызывая загнивание древесины и в конечном итоге образование дупла. 1

Ещё одна причина образования дупел — работа птиц, в частности дятлов. 12 Пара дятлов выбирает подходящее дерево с мягкой загнивающей древесиной и выдалбливает для будущих птенцов дупло. 1

Также дуплистыми могут стать участки дерева, к которым крепились отвалившиеся в процессе старения ветви. 1