Тугун считается исчезающим видом лососёвых рыб из-за снижения его популяции. 3 За последние 30–40 лет вылов тугуна уменьшился примерно в 10–15 раз. 3

Некоторые причины сокращения численности:

• загрязнение водоёмов; 3
• бесконтрольный вылов, в том числе в период нереста; 3
• строительство ГЭС; 3
• искусственная смена направления русел рек. 3

Например, в реке Собь с середины 80-х годов в результате добычи гравия численность тугуна резко сократилась. 2 Среди молоди сиговых рыб на местах нагула тугун тогда не превышал 1%. 2

Тугун включён в Красную книгу Свердловской области, а также в Красную книгу Ямало-Ненецкого автономного округа. 12