Тугун считается исчезающим видом лососёвых рыб из-за снижения его популяции. 3 За последние 30–40 лет вылов тугуна уменьшился примерно в 10–15 раз. 3
Некоторые причины сокращения численности:
Например, в реке Собь с середины 80-х годов в результате добычи гравия численность тугуна резко сократилась. 2 Среди молоди сиговых рыб на местах нагула тугун тогда не превышал 1%. 2
Тугун включён в Красную книгу Свердловской области, а также в Красную книгу Ямало-Ненецкого автономного округа. 12