Вторичная структура транспортной РНК имеет форму клеверного листа из-за водородных связей. 1 Они скручивают нить тРНК и удерживают её в таком положении. 1
Также, по мнению М. Эйгена, при длине РНКовой цепи 80 нуклеотидов со случайной последовательностью вторичная структура с 3–4 лепестками является наиболее вероятной. 5