Традиционная система классификации микроорганизмов устарела по нескольким причинам:
В настоящее время микробиологический объект невозможно классифицировать, не изучив совокупность морфофизиологических, биохимических и молекулярно-биологических данных. 2
Современная классификация бактерий и архей основана на многофазном подходе, который включает фенотипические, хемотаксономические и генотипические данные, а также филогенетическую информацию. 5