Теория рекапитуляции считается устаревшей в современной науке, потому что накопление фактов и теоретические разработки показали, что биогенетический закон в формулировке Геккеля в чистом виде никогда не выполняется. 2 Рекапитуляция может быть только частичной. 2

Некоторые факты, которые послужили доказательствами недееспособности теории Геккеля:

• Неотения. 1 У многих представителей членистоногих, земноводных и растений конец онтогенеза происходит гораздо раньше «положенного», а некоторые конечные его стадии вовсе выпадают. 1
• Педогенез. 1 Период партогенеза (размножения), протекающий на стадии зародыша или личинки. 1
• Отдельно взятая особь не может за свой ограниченный срок индивидуального развития рекапитулировать эволюционные процессы, протекавшие тысячи лет — это происходит в сжатой форме. 1
• На ранних стадиях у позвоночных (бластула и следующей за ней гаструла) не наблюдается связующих общих характеристик, это можно объяснить разным количеством желтка у разных видов. 1 Схожести становятся заметны лишь на поздних этапах. 1

Таким образом, в XX веке эти факты заставили эмбриологов отвергнуть биогенетический закон в геккелевских формулировках. 2