Теория препотентности не считается надёжным методом разведения животных по нескольким причинам:

• Условность понятия препотентности. 2 Она возникает только на определённом материале и в определённой степени условна. 2
• Неоднозначность результатов. 2 Оценка препотентности по разным селекционным признакам даёт разные результаты. 2 Например, по живой массе инбредные бараны, оценённые шестью методами, везде заняли первое и второе места, а по длине шерсти такие ранги были в двух случаях из шести. 2
• Влияние условий. 2 Нередко дочери и матери находятся в различных условиях кормления и содержания, а это оказывает большое и разное влияние на проявление и развитие того или другого признака. 2
• Невозможность получения высокопродуктивной породы. 1 Потомки препотентных животных, как правило, не проявляют признака своего прародителя. 1

Таким образом, использование теории препотентности может привести к неоправданным затратам в практике и препятствовать дальнейшему прогрессу науки. 1