Теория нейтральной эволюции считается альтернативной по отношению к классическому дарвинизму, потому что она утверждает, что большинство генетических изменений не увеличивают и не уменьшают шансы видов на выживание и произведение потомства. 2

В то время как теория Дарвина предполагает, что выживают лишь те организмы, мутации которых позволяют им приспособиться к среде. 1

Таким образом, теория нейтральной эволюции противопоставляет естественный отбор как самостоятельно действующий эволюционный фактор случайному дрейфу нейтральных мутаций. 35

При этом теория нейтральной эволюции может быть дополнением к дарвиновской, но не её заменой, так как выживание организма определяется адаптацией к среде, а для этого нужны приспособительные средства — такие как глаза, руки, ноги, клювы и т.д.. 1