Теория Бора не может полностью объяснить сложные атомные структуры, потому что она не смогла дать адекватное описание многоэлектронных атомов, в том числе обычного атома гелия, который включает в себя два электрона, и других многоэлектронных частиц. 12

Кроме того, модель Бора нарушает принцип неопределённости, поскольку считает, что электроны имеют известные орбиты и местоположения — две вещи, которые невозможно измерить одновременно. 2

Для описания сложных атомных структур была разработана современная квантовая механика, которая учитывает волновые свойства движущегося в атоме электрона. 5

Также теория Бора не объясняет, например, большую часть спектров более тяжёлых атомов, относительные интенсивности спектральных линий, тонкую и сверхтонкую структуру в спектральных линиях, эффект Зеемана и другие явления. 2