Теория Бора не могла объяснить спектры гелия и более сложных атомов по нескольким причинам:

• Непоследовательность теории. 5 С одной стороны, она отвергала описание атома на основе классической физики, так как постулировала наличие стационарных состояний и правила квантования, непонятных с точки зрения механики и электродинамики. 5 С другой стороны, для записи уравнения движения электрона по круговой орбите использовались классические законы — второй закон Ньютона и закон Кулона. 5
• Неизвестность некоторых принципов построения сложных атомов. 1 В то время, когда разрабатывалась теория Бора, были неизвестны такие принципы, как запрет Паули и существование у электрона спина. 1
• Невозможность объяснить некоторые особенности спектров. 2 Например, модель Бора не могла объяснить, почему некоторые энергетические уровни должны располагаться очень близко друг к другу. 2 Также она не могла описать многоэлектронные атомы, так как в них нет энергетических уровней, которые предсказывает модель. 2
• Невозможность объяснить строение молекул. 3 В них картина движения и взаимодействия электронов и атомных ядер намного сложнее, чем в атомах. 3

Теория Бора не могла претендовать на роль общей теории, описывающей микромир, и вскоре была заменена современной квантовой механикой. 15