Таймень включён в Красную книгу Байкальского заповедника, а также в Красные книги Республики Бурятия и Иркутской области из-за резкого снижения численности этого вида за последние 30 лет. 2

Некоторые факторы, влияющие на сокращение популяции тайменя:

• браконьерство и интенсивный нерегламентированный лов практически в течение всего года; 3
• вылов взрослых рыб и молоди при промысле омуля и хариуса; 3
• загрязнение рек стоками горнодобывающих, промышленных и сельскохозяйственных предприятий. 3