Таксономические системы отличаются в разных биологических науках по нескольким причинам:

• Нет общепринятого способа вычисления ранга. 1 Поэтому разные систематики выделяют ранги по-разному. 1
• Использование разных критериев для выделения таксонов. 2 Например, в современной систематике органического мира для этого рассматривают морфологические особенности, внутреннее строение клетки, экологические и генетические данные. 2
• Влияние эволюционных теорий. 5 Их существует несколько, и они по-разному трактуют механизм формирования таксономического разнообразия. 5

При этом концепция естественной системы, которая общая для всей таксономической науки, в разных направлениях и школах заполняется специфическим содержанием, но почти неизменно остаётся в базовом понятийном аппарате систематики. 5